醫(yī)院始建于1881年，原名“惠世醫(yī)院”，為英國教會醫(yī)院。1973年整建制劃歸福建醫(yī)科大學(xué)，更名為福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院。醫(yī)院是福建省首批通過衛(wèi)生部評審的四家三級甲等綜合醫(yī)院之一。醫(yī)院設(shè)鯉城和東海兩個院區(qū)，鯉城院區(qū)占地24.57畝，東海院區(qū)占地322.6畝；醫(yī)院編制床位2000張。呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科被列入國家臨床重點�？疲�介入呼吸病學(xué)、低視力康復(fù)、產(chǎn)前超聲醫(yī)學(xué)等亞�？栖S入國內(nèi)先進(jìn)水平。免疫學(xué)和變態(tài)反應(yīng)專業(yè)、皮膚病專業(yè)、超聲診斷專業(yè)、腫瘤科（中西醫(yī)結(jié)合）等�？票涣腥胧〖壟R床重點專科。呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科、免疫風(fēng)濕科、超聲醫(yī)學(xué)科、眼科、皮膚醫(yī)學(xué)美容、中西醫(yī)結(jié)合腫瘤科、生殖醫(yī)學(xué)等多個�？苹騺唽？铺幱谑�內(nèi)領(lǐng)先水平。胃腸外科、甲乳外科、骨質(zhì)疏松、脊柱外科、關(guān)節(jié)外科、肝膽胰外科、重癥醫(yī)學(xué)科、泌尿外科、婦產(chǎn)科、內(nèi)分泌與代謝病科、心血管內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、血液內(nèi)科、腎臟內(nèi)科、消化內(nèi)科、腫瘤化療科、放射治療科等�？苹騺唽？铺幱谑�內(nèi)領(lǐng)先水平。